Program Studi S1 Teknik Fisika Telkom University berdiri pada tanggal 21 Januari 2009 berdasarkan Keputusan Direktorat Perguruan Tinggi Departemen Pendidikan Nasional Republik Indonesia Nomor 90/D/T/2009. Program studi ini lahir sebagai bentuk pemenuhan tuntutan industri yang membutuhkan ahli-ahli di bidang Teknik Fisika. Pada awalnya, Program Studi S1 Teknik Fisika diwadahi di dalam Fakultas Sains pada tanggal 30 Januari 2009 tentang Struktur Organisasi dan Tata Kelola Institut Teknologi Telkom. Seiring dengan perubahan Institut Teknologi Telkom menjadi Universitas Telkom bersama 3 (tiga) perguruan tinggi lainnya dibawah Yayasan Pendidikan Telkom, maka Program Studi S1 Teknik Fisika berada dibawah Departemen Sains pada Fakultas Teknik.

Prodi S1 Teknik Fisika Univeritas Telkom merupakan salah satu dari empat program studi S1 Teknik Fisika yang telah Terakreditasi A di antara sepuluh prodi S1 Teknik Fisika di Indonesia. Pada tahun 2018, Program Studi Teknik Fisika Universitas Telkom memperoleh akreditasi provisional dari Indonesian Accreditation Board for Engineering Education (IABEE) berdasarkan sertifikat akreditasi No. 00015P Tanggal 11 Desember 2018. Saat ini Program Studi Teknik Fisika Universitas Telkom tengah mempersiapkan diri untuk memperoleh Full Acreditation IABEE. Program Studi S1 Teknik Fisika Universitas Telkom menggunakan ISO 20000-1:2018 sebagai standar manajemen layanan teknologi informasi dan ISO 9001 2015 sebagai standar sistem manajemen mutu dalam menjalankan kegiatan akademik. Sejak tahun 2016, Program Studi S1 Teknik Fisika menggunakan kurikulum berbasis OBE (Objective-Based Education) yang mengacu pada Standar Nasional Pendidikan Tinggi (SN Dikti) No. 50/2012 dan IABEE yang berstandar internasional.